集体建设用地使用权补偿的法律依据是《物权法》第42条、第121条的相关规定，补偿的标准这方面目前为止没有法律和法规的依据，各个地方的政策也不一样。
在办案过程当中有很多这方面的案例，企业依法获得集体土地使用权应当予以保护，对企业土地的补偿不应当低于省主管部门制定的集体建设用地的补偿标准。
如果企业纳入城市规划区，已经纳入城市规划区土地的价值较高的，应当参照集体住宅用地的补偿标准，适当地予以提高，这是关于集体建设用地使用权的企业的补偿情况。
《土地管理法》2004版
第四十七条征收土地的，按照被征收土地的原用途给予补偿。征收耕地的补偿费用包括土地补偿费、安置补助费以及地上附着物和青苗的补偿费。
关于集体土地上房屋的补偿，第四十七条规定，征收土地的按照被征收土地的原用途给予补偿，
征收耕地的补偿费用包括土地补偿费，安置补助费以及地上附着物和青苗的补偿费。这里所提到的原有用途给予补偿，就是企业的土地原来是住宅的就按照住宅，原来是商业的就按照商业。
新《土地管理法》于2020年1月1日起实施，第四十八条第一款规定“征收土地应给予公平合理的补偿，保障被征地农民原有生活水平不降低，长远生计有保障！首次明确了“合理补偿”。
新《土地管理法》2020版
第四十八条 征收土地应当给予公平、合理的补偿，保障被征地农民原有生活水平不降低、长远生计有保障。
征收土地应当依法及时足额支付土地补偿费、安置补助费以及农村村民住宅、其他地上附着物和青苗等的补偿费用，并安排被征地农民的社会保障费用。
……应当按照先补偿后搬迁、居住条件有改善的原则，尊重农村村民意愿，采取重新安排宅基地建房、提供安置房或者货币补偿等方式给予公平、合理的补偿，并对因征收造成的搬迁、临时安置等费用予以补偿，保障农村村民居住的权利和合法的住房财产权益。
新的《土地管理法》第四十八条规定，征收土地应当给予公平合理的补偿。在征收时应当适用当时的法律，如果说今年的征收应当适用今年的法律，应当给予公平合理的补偿。我们认为所谓的公平合理的补偿，就是征收企业之后，企业可以用这些补偿费用，可以在周边建得起或者买得起同样的房子，这才是合理的补偿。法律还规定保障被征地人生活水平不降低、长远生计有保障。
在这类案件过程中，包括企业主不了解厂房的一些情况，包括相关法律规定还不了解的情况下，不能签相关的一些文书或协议。我们所接触到的这个案件，比如同意签署相关的帮助拆除委托书，一旦签订同意拆除的文件，后期的一些补偿包括谈判，将处于不利的地位，所以遇到这类问题，总之不要慌，还是要了解一下相关的规定，根据遇到的问题，具体对待具体处理。
集体土地由于在当时管理不规范，造成手续上不太齐全，按照新的《土地管理法》集体土地也是可以出让转租、出让收益的，这类问题还是要多注意。
如果是在征收过程中，根据我国相关法律规定，被征收人可以在收到征收决定、征收补偿决定等具体行政行为的60日内提起行政复议，6个月内提起行政诉讼。如果房子被强拆，要在知道强拆之日的6个月内提起诉讼。北京楹庭律师事务所案件分析部，遇到疑难案件可免费分析。如果您没有与该主管部门协商好补偿条件，可以咨询征地拆迁专业律师，或者请律师介入，用专业的法律知识与主管部门协商谈判，争取获得公平、满意的补偿。
