潜水艇探索是FF14在4.2加入的新功能，类似于飞空艇探索，潜水艇探索也是由部队内有权限的玩家设定的，潜水艇自行按照规划好的路线进行探索，并在一段时间后带回相应物品。其中物品包含了一些潜水艇探索限定物品，包括各种各样、其实非洲人根本带不回来的宠物、制作相关道具等等。同时根据SE以往的惯例，一个游戏系统总会在日后某次更新时加入新物品来“发挥余热”，所以提前进行一些准备还是有必要的。
首先玩家需要有一个部队——个人房屋是无法制造飞空艇的。部队必须拥有自己的部队房屋，之后部队长可以在部队房屋内花费800,000G开放部队工房。在这之后玩家需要获得4个初级潜水艇部件：[鲨鱼级船体]，[鲨鱼级船尾]，[鲨鱼级船首]，[鲨鱼级舰桥]。
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玩家可以选择从市场布告板购买，或者在部队工房自行建造。部队合建中在部队制图板处用6个[红木木材]即可解锁第一张潜水艇设计图。如果是已经进行过飞空艇探索的部队，也可以通过之前飞空艇探索带回的材料(4个[竹片]，10个[轻木废材])提前解锁第二张/第三张潜水艇设计图，开始准备材料进行搭建(注意：第二张潜水艇设计图：甲鲎级的配件，需要潜水艇达到15级才能更换使用;第三张潜水艇设计图：鲸鱼级的配件，需要潜水艇达到25级才能更换使用;后续配件等级以此类推)。
3个鲨鱼级部件后，玩家需要在住宅区管理人处以10,000点部队战绩购买1个[潜水艇登记票]，之后就可以在航行管制面板处登记自己的第一艘潜水艇啦!记得给它起一个好听的名字!例如[射奶鱼]!
在潜水艇达到20级并探索完4.2版本全部地图(A～J)后，可解锁第二潜水艇栏位，需要3个[潜水艇登记票]进行潜水艇登记;
在潜水艇达到30级并探索完4.3版本全部地图(A～O)后，可解锁第三潜水艇栏位，需要5个[潜水艇登记票]进行潜水艇登记。
在潜水艇达到40级并探索完4.4版本全部地图(A～T)后，可解锁第三潜水艇栏位，需要7个[潜水艇登记票]进行潜水艇登记。
潜水艇探索需要消耗相应数量的[桶装青磷水]，而[桶装青磷水]可以在冒险人偶014号处以100部队战绩/个的价格进行购买。好了，你们的潜水艇已经整装待发，现在是时候开始它的处女航了! 真·完全复读。潜水艇与飞空艇共享派出的上限(就是说只能同时有四艘在出航)，但是各自可建造的上限是只和飞空艇/潜水艇探索区域有关的。 (再多又有什么用，反正出不去) 。
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