（一）增值税
1、是否存在虚开农副产品收购发票抵扣税款的行为。运用投入产出方法，检查评估收购农副产品数量、种类与其产成品（销售）是否对应，等等；
2、是否存在购进非农副产品而开具农副产品收购发票抵扣税款的行为；
3、是否存在向非农业生产者收购农产品或盗用农业生产者的身份开具农副产品收购发票的行为；
4、是否存在不按规定开具农副产品收购发票的现象；
5、是否存在虚抬收购价格、虚假增大收购数量的现象；
6、是否存在收购数量与生产、销售数量不配比或税负明显偏低且账上常年反映亏损的现象；
7、是否存在将委托加工原材料列入开具农副产品收购发票的现象；
8、是否存在销售货物不如实申报纳税或账外经营行为。
9、是否存在隐瞒销售收入的行为。是否存在以代销为由对发出产品不入账、延迟入账；是否存在现金收入不入账或不申报行为。
10、是否按照规定的纳税义务发生时间确认销售额计算纳税；
11、逾期不退还或者收取超过一年以上尚未退还的出租包装物押金，是否已按规定并入当期销售额计算纳税；
12、是否存在混淆固定资产与低值易耗品划分抵扣进项税额问题；
13、用于非应税项目、集体福利或者个人消费的购进货物或应税劳务的进项税额，是否已按规定转出；
14、非正常损失的购进货物、产成品、在产品是否已作进项转出处理，所转出的进项税额计算是否正确 ；
15、从销货方收取返还资金是否己按照税法规定冲减当期进项税额；
16、将自产、委托加工的货物用于非应税项目、集体福利或者个人消费是否已视同销售并按规定确定销售额纳税；
17、将自产、委托加工或者购进的货物用于以货易货、抵偿债务、抵付劳务费等，是否已作有偿销售纳税；
18、用于投资、赠送、奖励的物品是否己按规定作视同销售处理；
（二）企业所得税
①检查应税收入的真实性、完整性。一是确定收入的完整性，重点是各种主营收入、副营收入、营业外收入（包括各种形式的财政返还在内）、投资收益等是否全部按规定入账。有无故意压低售价转移收入的行为；有无将已实现的收入长期挂往来账或干脆置于账外而不确认收入的情况；二是确定收入确认的合法性，检查其产品的销售收入、预售收入、视同销售收入确认以及成本和费用的扣除，是否符合有关规定。三是确定应税收入与非应税收入的划分，检查其有无将应税收入作为非应税收入申报等情况。
②检查税前扣除项目的真实性、合法性。一是要重点检查构成成本的各类费用的支付凭证是否合法、真实、有效，有无收受虚开、代开、伪造的假发票等不合法的发票入账支付费用；重点查看是否存在虚开办公费、虚开服务业发票、虚增人员工资、虚增广告支出、以有关联关系的销售公司或办事处的名义虚增经费、销售费用等虚增成本套取现金的情况。二是要通过检查总成本来检查成本与收入的配比性、合法性；三是要结合行业的特点，针对会计处理与现行税法规定不一致的项目在纳税申报时是否予以调整，重点检查各项准备金、风险金、业务招待费、广告费、租赁费、工资及相关费用、财产损失、捐赠支出、改扩建及装修工程支出、管理费等项目是否按规定合理分摊成本。
③重点检查项目。一是检查应付未付、应收未收款项的处理情况；二是检查预提费用、应付账款等科目，对年末留有余额的预提费用和超过3年（外企2年）因债权人原因无法支付的应付账款应调整成本和收入；三是检查无形资产和长期待摊费用的摊销是否符合税法规定；四是检查企业与其关联企业之间的关联交易情况。
（三）外商投资企业所得税
①检查各项应税收入（收益）的真实性、完整性。
一是生产经营收入部分，是否有应计未计产品销售（经营）收入、视同销售是否计入收入。二是财产转让收入、租赁收入、利息收入、特许权使用费、股息收入等是否存在少计收入的情况；国库券利息收入是否多计收入。三是其他收入（包括固定资产盘盈收入、罚款收入、因债权人缘故确实无法支付且两年以上的应付款项、物资／现金的溢余收入、应税的补贴收入、逾期包装物押金、保险无赔款优待、手续费收入等）是否存在少计收入的情况。四是接受捐赠收入是否计入当年应税所得额。五是非货币资产投资收益、对外投资的股权收益及其成本费用的核算是否属实。
②检查税前扣除项目的真实性、合法性、合理性。
第一、是否多列支制造费用、生产成本、产品销售成本，有无多计其他业务成本。
第二、核实下列各项费用的列支是否超过法定比例或标准；跨行业经营的，是否按适用比例分别计算列支限额：交际应酬费、工资福利费、工会经费、职工教育经费、借款利息费用等。
第三、核实须经税务机关审批后列支的项目（如财产损失、坏帐准备金及其它减值准备）：一是有无未经税务机关批准而擅自列支的问题。二是计提金额是否超过规定的列支比例。三是有无应在免税期或减半期列支的损失而在减半期或全额征税期列支从而人为调节应纳所得税额的问题。四是实际发生坏帐损失时是否冲减坏帐准备；对于超过上一年度计提的坏帐准备部分，是否作为当期损失列支；少于上一年度计提的坏帐准备部分，是否计入本年度应纳税所得额；已经作为坏帐损失在所得税税前扣除的应收账款，在以后年度收回时是否计入当期应纳税所得额。五是存货跌价减值准备、短期投资跌价减值准备、长期投资减值准备、固定资产减值准备、无形资产减值准备、在建工程减值准备、委托贷款减值准备等七项预提准备金是否已经进行纳税调整。
第四、重点检查项目。一是销售提成，有无重复列支供销人员的工资、奖金、差旅费和交际应酬费问题；是否冲减销售收入；是否以“白条”列支。二是技术开发费，是否有技术开发计划和费用预算方案，是否提供政策资料；当年发生的技术开发费是否超过上年实际发生额的10％；有无超范围归集技术开发费套取加成扣除的情况；有无把以前年度未扣除完或不允许扣除的开发费在本年度扣除。三是用于中国境内的对外捐赠，是否属于公益救济性捐赠；是否直接支付给受赠人；有无将摊派支出、赞助支出等作为对外捐赠列支的问题。四是预提费用，是否按照权责发生制提取和列支；除水电费等允许预提的项目外，是否还预提其它费用并税前列支。五是支付给有关部门的管理费，企业支付管理费的主管部门是否为其提供了相关服务；企业支付给主管部门的管理费，是否有规定的收费标准，或者是否符合市场同类服务的收费标准；支付给关联企业的管理费不得列支。六是职工培训费，企业开业前发生的职工培训费，是否未计入企业的开办费；企业为培训职工而购建的固定资产、无形资产等支出，是否直接作为职工培训费进行列支。七是其他项目，如土地（场地）使用费、租金支出、董事会或董事费等。
第五、税前不予列支项目的审核重点。一是资本性支出；二是无形资产受让、开发支出；三是违法经营的罚款和被没收财物的损失、各项税收的罚款、滞纳金；四是自然灾害或意外事故损失有赔偿的部分；五是非公益救济性捐赠；六是各种赞助支出；七是与生产经营无关的支出，如无关担保支出、摊派支出等；八是回扣支出；九是支付给总机构的特许权使用费。
③资产处理。
第一、固定资产折旧、改良。一是确认折旧政策和方法是否与税法规定一致。二是折旧年限是否准确；采用加速折旧法的，是否经过有权税务机关批准；取得已经使用过的固定资产，其尚可使用年限比税法规定短的，如按尚可使用年限计提折旧，是否经过有权税务机关批准。三是计提的起止时间是否正确，有无已经提足折旧继续使用的固定资产仍然提取折旧；新增固定资产计提折旧起始时间是否准确；有无多提或少提折旧；四是对已交付使用但未办理竣工决算的固定资产，是否已暂估入账并按规定计提折旧；正式竣工后，是否及时调整。五是是否按规定残值率提取残值；不留残值的固定资产其原因是否成立。六是固定资产的改良支出，是否一次性税前列支。
第二、无形资产摊销。一是无形资产原值计算是否准确；作为投资或购入的无形资产，其价值是否与合同、协议、验资报告及资产评估结果确认书等证明文件一致。二是摊销年限是否准确；改变摊销政策是否有依据或经税务机关批准。
第三、开办费摊销。一是是否有将不属于开办费的费用计入开办费。二是摊销期限是否低于5年；经营期不满5年按照实际经营期摊销开办费的，是否经主管税务机关批准。三是开办费的摊销是否从投产经营之日起计算。
第四、房屋装修费。一是有无将产权属于本企业的房屋投入使用前的装修费直接计入当期费用；二是核查装修费用的真实性；三是摊销期限的确定、摊销额的计算是否准确。
④税收优惠的检查。
第一、区域性税率优惠和定期减免税优惠的检查。一是企业是否属法定的生产性外商投资企业；二是企业是否位于法定优惠区域；三是享受再减半征收企业所得税待遇的产品出口企业和先进技术企业，是否取得有关部门颁发的证书；先进技术企业再减半征收企业所得税的，其按照税法第八条第一款规定的定期减免税期的最后一年及其次年是否均属于先进技术企业。
第二、生产性外商投资企业兼营非生产性业务的检查。若兼营性外商投资企业投产第一年的生产性业务收入占全部业务收入的比例未超过50％，是否已经享受区域性减低税率优惠；在定期减免税期限（包括先进技术企业和产品出口企业的再减半征收企业所得税期限）内，如果企业生产性业务收入占全部业务收入的比例低于50％，则该年度是否超政策享受减免税待遇。
第三、分别计算定期减免税期限和亏损弥补期限的检查。一是企业由于分期建设分期投产经营、合并、追加投资等原因，导致分别计算定期减免税期限和亏损弥补期限的，其各期的收入、成本费用等核算是否清楚、准确；二是企业分别适用的定期减免税期限是否准确；三是不同税收待遇亏损的弥补是否准确。
第四、特定项目和行业减低税率的检查。一是从事能源、交通、港口码头等特定项目和特定行业建设的企业，其所适用的减低税率优惠是否经过国家税务总局批准；二是从事特定项目和特定行业的企业，经批准适用减低税率的，如果同时兼营其它一般性项目，该一般性项目是否也适用经批准的减低税率优惠。
第五、有分支机构的企业适用所得税税率的检查。一是企业的分支机构适用所得税税率是否准确；二是总机构或者负责汇总纳税的机构本身不从事生产业务的，其所适用的企业所得税税率是否与其生产机构的适用税率一致；三是处在沿海经济开放区、经济技术开发区和高新技术开发区等特定区域内的企业，是否有“区内注册，区外经营”的问题。
第六、定期减免税期间转换的检查。重点检查由免税期进入减半期或由减半期进入全额征税期的企业，期间计算是否准确。
第七、其他税收优惠的检查。检查企业所享受的基础项目投资、特定项目投资、再投资退税、购买国产设备投资抵免企业所得税等税收优惠是否符合规定。
⑤其他事项。
第一、关联企业。检查关联企业之间的购销业务是否按独立企业之间的业务往来作价的。检查是否存在通过原材料高进和产品低出，向境外关联企业转移利润的情况。检查是否存在以管理费、特许权使用费、商标使用费等名目向境外控股公司支付巨额费用的情况。检查企业是否在所得税优惠期满后，与享受优惠的其他境内关联企业之间存在转移产品销售、劳务和费用等情况。
第二、亏损弥补。检查纳税人获利年度与亏损弥补是否合法，有无人为调节利润而在年度之间多转少转成本，特别对第一年获利年度情况进行审查，有无人为地推迟获利年度。一是弥补数额是否准确；二是弥补期限是否准确；三是有无经过税务审计、检查已经调整过的亏损额仍然按原先的亏损数额申报弥补。
第三、预提所得税。检查是否发生预提所得税的相关业务以及已申报的预提所得税是否符合规定。
