一、支付经济补偿金和赔偿金的原因不同。
用人单位应当向劳动者支付经济补偿，强调的非过失性原因，例如，用人单位行使劳动合同解除权时应支付的经济补偿、用人单位提出并与劳动者协商一致应支付的经济补偿等。而用人单位应当向劳动者支付赔偿金，强调的是违法性，也就是说用人单位没有合法依据，违法解除劳动关系。用人单位应支付的是经济补偿，还是赔偿金，均有明确的法律依据。
二、经济补偿金和赔偿金的计算标准不同。
根据《劳动合同法》第四十七条的规定经济补偿金的标准为：按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
赔偿金的标准是根据《劳动合同法》第八十七条的规定：违反解除或者终止劳动合同的法律责任。用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同的，应当依照本法第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
也就是说赔偿金，是按经济补偿标准的二倍计算，整整差了一倍的，在实务中很多当事人不理解二者的区别，应当计算的赔偿金，算成了经济补偿，结果损失整整一倍。
再用两个例子直观地看看经济补偿金和赔偿金有什么区别：
1、小明在A公司上班，与A公司签订了劳动合同，但由于公司效益不好，小明才工作了3年，A公司被迫裁员，小明就在裁员的名单之中。最后，经协商一致，A公司与小明解除了劳动关系，A公司给小明支付了3个月工资的经济补偿金。
2、小红在B公司上班，在B公司工作了5年。因小红怀孕，B公司将小红开除，解除了劳动关系。小红因此申请劳动仲裁。最后劳动仲裁机构裁决B公司赔偿小红10个月工资的赔偿金。
