为了使压缩机在较为有利的工况下启动，一般应在风机和水泵启动10～20秒后，延时启动压缩机。此外，应将供液电磁阀的电路与压缩机电路联动，压缩机启动后，延时开启供液电磁阀。
为防止热泵机组在制冷工况下运行时，冷冻水温度过低，导致冷冻水冻结，一般应在蒸发器的冷冻水出水管上安装温度继电器。当出水温度低于2℃时，温度继电器动作，使压缩机停机，起到防冻保护作用。一般情况下，也可使用防冻开关代替温度继电器。压缩机停机后，当出水温度大于5℃时，通过复位开关才能重新开机。
压缩机运行过程中，由于油质粘稠或管路不畅等原因，可能会导致压缩机的负载增大，功率提高，产生过载现象。如果压缩机过载时间过长，会加速绕组绝缘层的老化，缩短压缩机使用寿命，严重时会烧坏电机。因此，需对其实施过载保护，可通过接入热继电器来实现。一旦压缩机过载电流达到保护值并持续一段时间后，热继电器会立即动作，切断电源。
对于压缩机电动机的保护，尤其要避免压缩机线路发生短路而烧坏电机，通常使用过电流继电器和熔断器进行短路保护。
